Afortunadamente existe un programita llamado likewise que nos soluciona todo esto (http://www.likewise.com)
En ubuntu lo podemos instalar desde los repositorios, cualquier otra plataforma se puede bajar el software desde la pagina que les pase antes.
para instalarlo
apt-get install likewise-open
una vez instalado, se debe unir al equipo a la red Window$, antes fijarse que las entradas de dns para el equipo a unir esten presentes, mas especialmente si el dns es de Micro$oft, a veces puede ocasionar problemas.
El comando es
domainjoin-cli join tudominio.com.ar admin
en mi caso puse admin porque admin es mi cuenta de administrador de dominio, sino ingresar la que corresponda
root@pirulo:~# domainjoin-cli join pepe.com.ar admin
Joining to AD Domain: pepe.com.ar
With Computer DNS Name: pirulo.pepe.com.ar
admin@PEPE.COM.AR's password:
DNS update failed!
SUCCESS
A no asustarse con el error de DNS update, solo avisa que la entrada en el DNS ya estaba y no la puede actualizar.
Ya esta unido el linux a Active Directory. Para que el usuario se loguee deberia loguearse como "dominio\usuario", esto se evita agregando al archivo etc/samba/lwiauthd.conf
winbind use default domain = yes
y listo! ya se puede usar usuarios de windows en linux.